Andrija Bošnjak iza sebe ima desetgodišnje radno iskustvo na Zavodu za parodontologiju Stomatološkog fakulteta u Zagrebu kao asistent i docent, a od travnja 2008. godine naslovni je izvanredni profesor i voditelj predmeta Parodontologija na Studiju dentalne medicine Medicinskog fakulteta u Rijeci. Glavna područja interesa su mu parodontalna plastična kirurgija, meka tkiva oko implantata te implantologija. Redovito objavljuje stručne i znanstvene članke u različitim međunarodnim i hrvatskim publikacijama, uglavnom s područja parodontologije i implantologije. Posljednjih nekoliko godina aktivan je kao organizator i voditelj praktičnih tečajeva s područja parodontalne terapije, parodontalne kirurgije te implantologije. U suradnji s dr.sc. Andrejom Menigom 2007. godine osnovao je tvrtku “Meniga i Bošnjak d.o.o.” koja pruža usluge iz područja profilakse, parodontologije i implantologije, a u kojoj radi od 2008. godine.